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，请他们广泛发表意见，再以表的形式上奏魏帝。依然用真诚的誓言表白自己的忠心：“臣遭小人离间，陛下一旦怀疑，其桀骜不驯之罪，就会像尔朱氏那样受到诛讨。臣如果不尽诚竭节，胆敢辜负陛下的话，那么就使身受天祸，断子绝孙。陛下如果相信臣的赤心，使干戈不兴，就该将一二佞臣逐出朝廷。”二十二日，魏帝选录在京文武大臣的议论再次回答神武，让舍人温子升起草诏令，子升迟疑不决，未敢动笔。魏帝坐在胡床上，变了脸色，拔出长剑威胁。子升这才拿起笔来草诏：
朕愚昧蠢笨，不知小人是谁，王可指名道姓，令朕明白。如厍狄干对王讲：“本打算挑选懦弱之人做皇帝，王却拥立此人为君，致使不能驾御，现在只作十五天的打算，自然可以废除，再立他人。”这样的议论，出自王身边的功臣之口，佞臣小人是讲不出来的。去年封隆之背叛，今年孙腾逃走，王却不能依法处罚，也不押解送还朝廷，王袒护封、孙，谁都想加以指责！孙腾已为祸始，王却毫无愧惧之色。王若对朕忠心，为何不送二人首级来京？王虽率部西征，但又布署四面进攻，或者南进洛阳，或者东临江左，讲出进攻的话语应该自我责备，听到进攻的言辞哪能不加怀疑？王若忠诚不二，就当静静地屯驻北地，虽拥有百万之众，终无害人之心。王若信邪弃义，挥师南进，纵无匹马只轮，还想赤手空拳去争一死。朕本寡德，王已立之，百姓无知，诚可谅解。若有他图，则是彰明朕的罪恶，假如被王诛杀，或幽禁凌辱，或粉身碎骨，而毫无遗憾。为什么？王既然德被人称，义为人道，一旦背德舍义，便是失信于民。本指望君臣一体，如契与符合，没料到今日竟如此疏远。古语云：“越人射我，笑而道之；我兄射我，泣而道之。”朕爱王亲王，情同手足，所以投笔拍胸，禁不住地发出哀叹。
当初，神武从京师出发拟将北行，认为洛阳久经战乱，王气已尽，即便有山河之险可守，但土地狭窄，赶不上邺地，因此请求迁都。魏帝道：“高祖定鼎河洛，为永久的基地，规划营建，一直到世宗朝才告结束。王既然有功于国，就应该遵从太和旧典。”神武听从了诏令，到这个时候，又旧事重提。调遣三千骑兵镇守建兴，增益河东及济州的军队，规定以白沟为界，所有船只不准入洛，各州和籴粮食全部运送邺城。魏帝又诏令神武：“王若顺从民心，杜绝议论，只有撤退河东之兵，罢除建兴之戍，送归相州之粟，追还济州之军，命令蔡俊辞职，打发邸珍离徐，止戈散马，各治家业，所需粮食，另请转送。那么小人就会闭口，怀疑也就不会产生了。王在太原高枕无忧，朕在京洛无为而治，永不举足渡河，互不再动干戈。王若挥军南进，问鼎轻重，朕虽不武，欲止不能，一定要为社稷宗庙考虑，筹划出最好的计策。决策由王，非朕所能定夺，造山止篑，实在可惜。”此时魏帝让任祥兼任尚书左仆射，加开府仪同三司，任祥弃官逃到河北，占据地盘等候神武。魏帝于是下令凡是北方的文武官员去留听便，下诏公布神武罪行，为北伐筹划营谋。神武也停马宣言，说：“我见尔朱氏专权，便在天下举起义旗，辅佐皇上，义贯幽明，反被斛斯椿诬陷，把忠诚说成了叛逆。古代赵鞅兴晋阳之兵，诛杀君侧的恶人。今日南进，只不过是声讨斛斯椿而已。”委任高昂为前锋，说：“如果听了司空的话，那会有今日的举措！”司马子如回答说：“原本打算立一弱小者为帝，今天的行动就是为了这个目的。”
魏帝向关右征兵，召请贺拔胜赶往行所，派遣大行台长孙承业、大都督颍川王斌之、斛斯椿一同镇守武牢，汝阳王暹守石济，行台长孙子彦率领前恒农太守元洪略镇陕，贾显智带豫州刺史斛斯元寿讨伐蔡俊。神武指派窦泰和左厢大都督莫多娄贷文迎击显智，韩贤抵挡汝阳王暹。斛斯元寿部投降。窦泰、贷文在长寿津与贾显智相遇，显智秘密谈妥了投降事宜，就率众撤走。军司元玄发觉后，赶回行所，请求增兵。魏帝调遣大都督侯几绍奔赴前线，两军便在滑台东侧大战，显智带领兵士投降，侯几绍阵亡。
七月，魏帝亲自带领大军屯驻河桥。神武在距河北十余里的地方，再次派人表明诚意，魏帝没有理睬。神武就率军渡过黄河。魏帝向群臣问计，有的说往南投奔贺拔胜，有的说往西占据关中，有的说固守洛口决一死战。何去何从，无法决定。元斌之与斛斯椿因争权夺利，关系不洽，斌之留下斛斯椿抄小路跑到行所，蒙骗魏帝说：“神武的兵来了！”当天，魏帝逃往长安。二十九日，神武进洛阳，暂居永宁寺。
八月初四，神武召集百官会议，说：“为臣事主，拯救危乱，如果居于臣位而不谏诤，出门不相跟随，国家安宁时沉溺于荣华富贵，危急时如鸟兽奔散，臣节在哪里！”于是捕获开府仪同三司叱列延庆、兼尚书左仆射辛雄、兼吏部尚书崔孝芬、都官尚书刘。。、兼度支尚书杨机、散骑常侍元士弼等人，并全部处死，原因是他们对皇上不能尽忠，士弼籍没家人。神武认为好时机不可错过，便同百官商议，任命清河王。。为大司马，居尚书下舍而秉承意旨来决断大事。王出入称警跸，神武极为讨厌。不久，神武抵达恒农，于是向西攻下了潼关，活捉了毛洪宾。进军长安，龙门都督薛崇礼投降。神武率部后退，驻扎河东，命令行台尚书长史薛瑜守潼关，大都督厍狄温守封陵。筑城于蒲津西岸以守华州，便命令薛绍宗做刺史。高昂行豫州刺史事。神武从晋阳出发，到此时为止已向魏帝致函四十余件，都没有得到答复。
九月初十，神武返回洛阳，又打发僧人道荣奉表入送关中，还是没有答复。于是聚集百官、四门耆老，议论立谁为帝。神武认为从孝昌丧乱开始，国脉中断，神主无依，昭穆失序，永安帝以孝文帝为伯考，永熙帝迁孝明帝神主于夹室，功业丧失福佑短浅，根源就在这里。因此决定立清河王长子元善见。大家意见一致，便向清河王报告。王说：“天子无父，若立我儿，我会毫不悯惜自己的生命。”元善见即位，这就是东魏史上的孝静帝。从这时起，魏一分为二了。神武考虑到魏帝跑到了关中，担心他进逼崤、陕，洛阳又在黄河之外，接近梁境，如若进攻晋阳，两边不能很好衔接，就建议迁都于邺，护军祖莹赞同。诏书下达三日，车驾出发，户口四十万也狼狈上路。神武留在洛阳处理事务，事情办完后就回到了晋阳。从此开始，军政大事，全归相府处理。早些时候有童谣说：“可怜青雀子，飞到邺城里，翅膀快长成，变成鹦鹉子。”好事者私下议论，说雀子是魏帝清河王的儿子，鹦鹉是神武。
当初，即孝昌年中，山胡刘蠡升自称天子，年号神嘉，住居在云阳谷，魏的西部每年都要遭受寇掠，人们呼之为“胡荒”
天平二年(535)正月，西魏渭州刺史可朱浑道元率众归附，神武接纳了他们。十五日，神武袭击刘蠡升，获全胜。二十二日，魏帝下诏褒奖，任命神武为相国，授假黄钺，佩剑着鞋进宫殿，朝见不快步地走。神武坚辞不受。
三月，神武计划嫁女予刘蠡升的长子为妻，候其麻痹大意，十五日，偷偷地派出军队突袭。蠡升子北部王砍下其父脑袋送给神武。蠡升的部众又拥立其子南海王为帝，神武再次进攻，活捉了南海王及其弟弟西海王、北海王、皇后公卿等四百余人，得胡、西魏户五万多。二十六日，神武朝于邺。
四月，神武请求按等供应迁户粮食。
九月十四日，神武认为州郡县官吏多有违法乱纪行为，请求派出使臣访问民间疾苦。
三年(536)正月二十二日，神武统领厍狄干等万余骑兵偷袭西魏的夏州，不吃熟食，四天就赶到了。捆绑长矛做成云梯，深夜攻进城里，活捉了刺史费也头人斛拔俄弥突，仍然委任他做刺史。留都督张琼镇守夏州，将其部落五千多户迁往东魏。西魏灵州刺史曹泥及其女婿凉州刺史刘丰派遣使者请求内属。周文包围了曹泥，用大水灌注灵州府城，只有四尺见方的地方没有被淹。神武命令阿至罗带骑兵三万从小路经过灵州，绕到西魏军的后背，缴获战马五十匹，西魏军才被迫撤退。神武亲率骑士迎接曹泥、刘丰，选拔五千遗户带回东魏，并且恢复了曹泥的官爵。魏帝下诏赐给神武九锡，因坚决推辞才作罢。
二月，神武下令阿至罗威逼西魏秦州刺史建忠王万俟普拨，神武随即率部应接。六月二十五日，普拨与其子太宰受洛干、豳州刺史叱干宝乐、右卫将军破六韩常以及督将三百多人率众投降。
八月十八日，神武请求魏帝统一斗、尺，颁行天下。
九月初四，汾州胡人王迢触、曹贰龙等聚众造反，建立百官，年号平都。神武派兵进行了镇压。
十二月十一日，神武从晋阳出发进行西征，命令兼仆射行台汝阳王暹、司徒高昂等人急赴上洛，大都督窦泰进入潼关。
四年(537)正月十七日，窦泰因军败而自杀。神武宿营蒲津，因冰薄不能渡河无法支援，便班师回归。高昂攻克上洛。
二月二十二日，由于并、肆、汾、建、晋、东雍、南汾、泰、陕九州霜旱，民饥流浪，神武请求各州开仓救济。
六月初八日，神武前往天池，得一瑞石，石面隐约有文字，曰“六王三川”
十月初二，神武西讨，从蒲津渡河，有众二十万。周文在沙苑布阵。因地形险峻，神武率部稍作退却，西魏军呐喊着发起冲锋，东魏军大败，丢弃武器盔甲十八万余件，神武骑着骆驼逃跑，又坐船回到了黄河东岸。
元象元年(538)三月初二，神武坚决要求解除丞相之职，魏帝同意了。
四月初二，神武朝邺。初四，回晋阳，请解除酒禁，还请求救济宿卫的武官。
七月初六，行台侯景、司徒高昂在金墉围住了西魏大将独孤信，西魏帝以及周文都跑来救助。大都督厍狄干率领诸将作为前锋，神武统众紧随其后。八月初四日，战于河阴，东魏大败西魏军，俘虏数万。司徒高昂、大都督李猛、宋显阵亡。西魏军失败，独孤信率先跑入关内，周文命令都督长孙子彦保守金墉，烧燃军营后就逃走了。神武派人追赶到崤，没有追上就回来了。早些时候，神武估计西魏军会来侵犯，率众从晋阳出发，抵孟津，还没有渡过黄河，交战时候有胜有负。不久，神武过河，长孙子彦弃城逃走，因此神武毁掉了金墉城。
十一月初八，神武入京师朝见。十二月三十日，回到晋阳。
兴和元年(539)七月二十五日，魏帝进神武为相国、录尚书事，坚决推辞才止。
十一月十五日，因新宫建成，神武朝邺。魏帝与神武聚宴行射礼，神武走下台阶祝贺，又请求辞去渤海王和都督中外诸军事职，诏令不许。十二月十八日，神武回晋阳。
二年十二月，阿至罗的一部遣使请求归降。神武率众出迎，出武州塞，没有碰到，狩猎而归。
三年五月，神武出巡北境，派出使者同蠕蠕结好。
四年五月十五日，神武朝邺，请求魏帝下令百官每月面陈政事，明扬侧陋，纳谏去邪，亲理狱讼，奖勤罚惰；牧守有过，逐级相坐；后宫之内，进御有序；御花园中的鹰犬全部放掉。六月初十，神武回晋阳。
九月，神武西征。十月初六，在玉壁城包围了西魏仪同三司王思政，接连挑战，西师不出。十一月二十一日，天下大雪，士卒多冻死，神武才下令撤退。
武定元年(543)二月十二日，北豫州刺史高慎占据武牢投奔西魏。三月初二，周文率众援助高慎，包围了河桥南城。十八日，神武在芒山打败了周文，擒获西魏督将以下四百余人，俘虏斩杀六万多人。这时有一个偷杀驴的军士，依军令罪当处死，神武没有杀他，准备带回并州处理。第二天交战，这个军士逃到西魏军那里，报告了神武的所在。西魏军集中了全部的精锐发动猛攻，打垮了东魏军，神武的坐骑丢失，赫连阳顺把自己的战马送给了神武，和苍头冯文洛将神武扶上马后一块逃跑，跟随的步骑只有六七人。敌人的追兵迫近，神武的亲信都督尉兴庆叫道：“王快跑，兴庆身上有箭百支，可以射杀百个敌人。”神武鼓励他说：“事成之后，让你做怀州刺史，如果你死了，就用你的儿子。”兴庆回答说：“儿子还小，就给我的兄弟吧。”神武答应了。兴庆与敌搏斗，箭尽战死。西魏太师贺拔胜带十三骑追赶神武，河州刺史刘洪徽射死了其中的两个。贺拔胜的长矛即将刺中神武，段孝先从旁边射倒了贺拔胜的坐骑，遂免于难。平定豫、洛二州。神武派遣刘丰追击敌人，将领土一直扩展到弘农才返回。
七月，神武写信给周文，谴责他杀死了孝武帝。
八月十三日，魏帝诏令神武为相国、录尚书事、大行台，其余官爵依旧，坚决推辞才止。是月，神武下令在肆州北山筑城，一直向西抵达马陵戍，向东到土阝登，四十天后才罢止。
十二月二十二日，神武朝京师，二十三日，回晋阳。
二年三月初九，神武巡视冀、定二州，顺道朝京师。因冬春干旱，请求减免租税，赈济困乏，宽免死罪以下囚犯。又请求依照等级授给高龄老人官职。四月初一日，神武回洛阳。
十一月，神武讨山胡，获胜，俘捉一万余户，分往诸州安置。
三年正月十七日，开府仪同三司尔朱文畅、开府司马任胄、都督郑仲礼、中府主簿李世林、前开府参军房子远等人企图谋害神武，想借十五夜晚做“打簇”游戏的机会，身藏利刃入府，同伙薛季孝向神武作了报告，这些人全被处死。二十八日，神武请求在并州筑造晋阳宫，以安置配口。
三月十六日，神武朝邺，二十六日，回晋阳。
十月二十二日，神武上书，称幽、安、定三州北接奚、蠕蠕，请在险要之处修立城戍进行防守，并亲自监工，因此没有一处不坚固。二十六日，神武请求解除芒山俘虏的脚镣手铐，允许他们同民间的寡妇婚配。
四年八月二十三日，神武拟将西伐，率兵从邺来到晋阳集中。殿中将军曹魏祖进谏说：“不行啦，本年八月是西方王，以死气迎生气，对客人不吉利，对主人还可以。真有行动的话，会伤大将军。”神武置之不理。自从东、西魏交战后，邺下常有黄黑蚂蚁各自为阵进行搏斗，占卜的人认为黄色是东魏士兵的戎装，黑色为西魏军卒的衣服，民间便以此占验吉凶胜负。此时，黄蚁全死。九月，神武围困玉壁向西魏军挑战，西师不敢应。西魏晋州刺史韦孝宽守玉壁，从城中放出蒙着铁面的人来，神武命令元溢射击，每次都射中了铁面人的眼睛。采纳术士李业兴的“孤虚法”将士众聚集到玉壁城的北边。北边为天险。于是堆起土山，挖掘十条地道，同时又在东边开挖了二十一条地道作为攻城的手段。玉壁城内无水，须于汾河取用，神武截断汾河，不让流入城中，一夜功夫就做成了。韦孝宽将神武兵卒堆造的土山夺了过去。围城五十多天，没能攻下，却死了七万多人，神武下令将死者集中埋在一个大冢中。流星坠落到神武军营，军营中的驴子一齐鸣叫，兵众恐惧。神武重病。
十一月初一，神武抱病乘车返归。十一日，调遣太原公高洋镇守邺城。十二日，召世子高澄回晋阳。有恶鸟栖息在亭树上，高澄指派斛律光用箭射死。十六日，因无战功，神武上表请求解除都督中外诸军事职，魏帝特地下诏批准。这时，西魏都说神武围玉壁时被箭射伤，神武听到报告后，就强打精神与诸贵人相见，还让斛律金高唱敕勒歌，神武在一旁和唱，唱得泪流满襟。
侯景一向小看太子，曾对司马子如说：“王在，我不敢有非分之举；王无，我不能与鲜卑小孩共事。”子如赶紧捂住了他的口。此时，太子代神武修书征召侯景。侯景先前与神武有约，得信函，若信函背面有小黑点，才来看望。信到，无约定的记号，侯景未来，又听说神武病重，便拥兵自守。神武对太子说：“我虽然病重，可是你的脸上却有更多的忧虑之色，为什么？”太子没有回答。神武又问：“难道不是担忧侯景反叛？”答：“是的。”神武说：“侯景专制河南十四年，常怀飞扬跋扈之志，只有我能调养，他岂能让你驾驭！如今天下未定，千万不要匆匆发布我死的消息。厍狄干是鲜卑老人，斛律金为敕勒老人，两人性格耿直，是不会背弃你的。可朱浑道元、刘丰生从远道来投奔我，无疑没有异心。贺拔焉过儿朴实而且很少有过失。潘相乐原本是个道人，心地善良而且宽厚，我们弟兄会得他的帮助。韩轨少戆，应该宽容。彭相乐难得真心实意，应该提防着他。稍微能与侯景抗衡的只有慕容绍宗，因此我不让他富贵，留下给你，你必须殊礼相待，委以重任。”
五年(547)正月初一，日蚀，神武说：“日蚀是为了我哟，死也没有什么遗憾的了。”初八日，向魏帝呈送书启。是日，崩于晋阳，时年五十二岁，秘不发丧。六月十七日，魏帝在东堂致哀，第三天，制作丧服，诏令丧礼依照汉大将军霍光、东平王苍规格办理；赠假黄钺、使持节、相国、都督中外诸军事、齐王玺绶，赐。。车京车、黄屋、左纛、前后羽葆、鼓吹、轻车、介士，兼备九锡殊礼，谥号献武王。八月二十日，葬在邺西北漳水的西侧，魏帝送丧至紫陌。天保初年，追封为献武帝，庙号太祖，陵为义平。天统元年(565)，改谥号神武皇帝，庙号高祖。
神武性情深沉缜密傲岸严肃，整天表情庄重，别人不能揣测他的内心，策划谋略的时候，变化多端如同神人，至于军事和国家的重大方针，独到地运用自己的思考，文官武将很少能预知。统领指挥军队，法令严肃，面对敌人夺取胜利，制定策略没有一定之规。听讼断案明察是非，不可欺蒙。善于鉴识人的才能喜欢和士人交往，周全保护立遇功勋的人。性格周密善辩，每当有礼乐教化的事情，常常关注备至，阐述事理倾心交谈，不崇尚华丽奢侈。提拔人员授予官职，在于得到人才，如果他能够胜任，甚至到奴仆中选拔，徒有虚名而无实际才能的，很少得到任用。各将领出外征讨，照着他的策略做的，无不取胜报捷，违背他的指挥的，大多导致失败逃亡。十分崇尚俭朴，刀剑鞍辔上没有金玉的饰物。年轻时酒量很大，自从担当重任后，每次不超过三杯。住在家裹就和在官府一样。仁慈宽容地爱护士人。开始范阳人卢景裕以明晓经义受人称道，叠郡人垄堑以擅长书法声名显扬，他们都因谋反被抓，一并蒙受恩德安置在府宅裹，教神武的儿子们。他的文人武士尽心去做事，因遇错被抓起来而不加惩罚的有很多。所以远近都心悦诚服地归附他，都想为他出力效命。以至于南面慑服凿国，北面安抚竖坚，丝主避、厘至罗全都招引接纳，得到他们的人力物用，规划谋略考虑得远啊。
，请他们广泛发表意见，再以表的形式上奏魏帝。依然用真诚的誓言表白自己的忠心：“臣遭小人离间，陛下一旦怀疑，其桀骜不驯之罪，就会像尔朱氏那样受到诛讨。臣如果不尽诚竭节，胆敢辜负陛下的话，那么就使身受天祸，断子绝孙。陛下如果相信臣的赤心，使干戈不兴，就该将一二佞臣逐出朝廷。”二十二日，魏帝选录在京文武大臣的议论再次回答神武，让舍人温子升起草诏令，子升迟疑不决，未敢动笔。魏帝坐在胡床上，变了脸色，拔出长剑威胁。子升这才拿起笔来草诏：
朕愚昧蠢笨，不知小人是谁，王可指名道姓，令朕明白。如厍狄干对王讲：“本打算挑选懦弱之人做皇帝，王却拥立此人为君，致使不能驾御，现在只作十五天的打算，自然可以废除，再立他人。”这样的议论，出自王身边的功臣之口，佞臣小人是讲不出来的。去年封隆之背叛，今年孙腾逃走，王却不能依法处罚，也不押解送还朝廷，王袒护封、孙，谁都想加以指责！孙腾已为祸始，王却毫无愧惧之色。王若对朕忠心，为何不送二人首级来京？王虽率部西征，但又布署四面进攻，或者南进洛阳，或者东临江左，讲出进攻的话语应该自我责备，听到进攻的言辞哪能不加怀疑？王若忠诚不二，就当静静地屯驻北地，虽拥有百万之众，终无害人之心。王若信邪弃义，挥师南进，纵无匹马只轮，还想赤手空拳去争一死。朕本寡德，王已立之，百姓无知，诚可谅解。若有他图，则是彰明朕的罪恶，假如被王诛杀，或幽禁凌辱，或粉身碎骨，而毫无遗憾。为什么？王既然德被人称，义为人道，一旦背德舍义，便是失信于民。本指望君臣一体，如契与符合，没料到今日竟如此疏远。古语云：“越人射我，笑而道之；我兄射我，泣而道之。”朕爱王亲王，情同手足，所以投笔拍胸，禁不住地发出哀叹。
当初，神武从京师出发拟将北行，认为洛阳久经战乱，王气已尽，即便有山河之险可守，但土地狭窄，赶不上邺地，因此请求迁都。魏帝道：“高祖定鼎河洛，为永久的基地，规划营建，一直到世宗朝才告结束。王既然有功于国，就应该遵从太和旧典。”神武听从了诏令，到这个时候，又旧事重提。调遣三千骑兵镇守建兴，增益河东及济州的军队，规定以白沟为界，所有船只不准入洛，各州和籴粮食全部运送邺城。魏帝又诏令神武：“王若顺从民心，杜绝议论，只有撤退河东之兵，罢除建兴之戍，送归相州之粟，追还济州之军，命令蔡俊辞职，打发邸珍离徐，止戈散马，各治家业，所需粮食，另请转送。那么小人就会闭口，怀疑也就不会产生了。王在太原高枕无忧，朕在京洛无为而治，永不举足渡河，互不再动干戈。王若挥军南进，问鼎轻重，朕虽不武，欲止不能，一定要为社稷宗庙考虑，筹划出最好的计策。决策由王，非朕所能定夺，造山止篑，实在可惜。”此时魏帝让任祥兼任尚书左仆射，加开府仪同三司，任祥弃官逃到河北，占据地盘等候神武。魏帝于是下令凡是北方的文武官员去留听便，下诏公布神武罪行，为北伐筹划营谋。神武也停马宣言，说：“我见尔朱氏专权，便在天下举起义旗，辅佐皇上，义贯幽明，反被斛斯椿诬陷，把忠诚说成了叛逆。古代赵鞅兴晋阳之兵，诛杀君侧的恶人。今日南进，只不过是声讨斛斯椿而已。”委任高昂为前锋，说：“如果听了司空的话，那会有今日的举措！”司马子如回答说：“原本打算立一弱小者为帝，今天的行动就是为了这个目的。”
魏帝向关右征兵，召请贺拔胜赶往行所，派遣大行台长孙承业、大都督颍川王斌之、斛斯椿一同镇守武牢，汝阳王暹守石济，行台长孙子彦率领前恒农太守元洪略镇陕，贾显智带豫州刺史斛斯元寿讨伐蔡俊。神武指派窦泰和左厢大都督莫多娄贷文迎击显智，韩贤抵挡汝阳王暹。斛斯元寿部投降。窦泰、贷文在长寿津与贾显智相遇，显智秘密谈妥了投降事宜，就率众撤走。军司元玄发觉后，赶回行所，请求增兵。魏帝调遣大都督侯几绍奔赴前线，两军便在滑台东侧大战，显智带领兵士投降，侯几绍阵亡。
七月，魏帝亲自带领大军屯驻河桥。神武在距河北十余里的地方，再次派人表明诚意，魏帝没有理睬。神武就率军渡过黄河。魏帝向群臣问计，有的说往南投奔贺拔胜，有的说往西占据关中，有的说固守洛口决一死战。何去何从，无法决定。元斌之与斛斯椿因争权夺利，关系不洽，斌之留下斛斯椿抄小路跑到行所，蒙骗魏帝说：“神武的兵来了！”当天，魏帝逃往长安。二十九日，神武进洛阳，暂居永宁寺。
八月初四，神武召集百官会议，说：“为臣事主，拯救危乱，如果居于臣位而不谏诤，出门不相跟随，国家安宁时沉溺于荣华富贵，危急时如鸟兽奔散，臣节在哪里！”于是捕获开府仪同三司叱列延庆、兼尚书左仆射辛雄、兼吏部尚书崔孝芬、都官尚书刘。。、兼度支尚书杨机、散骑常侍元士弼等人，并全部处死，原因是他们对皇上不能尽忠，士弼籍没家人。神武认为好时机不可错过，便同百官商议，任命清河王。。为大司马，居尚书下舍而秉承意旨来决断大事。王出入称警跸，神武极为讨厌。不久，神武抵达恒农，于是向西攻下了潼关，活捉了毛洪宾。进军长安，龙门都督薛崇礼投降。神武率部后退，驻扎河东，命令行台尚书长史薛瑜守潼关，大都督厍狄温守封陵。筑城于蒲津西岸以守华州，便命令薛绍宗做刺史。高昂行豫州刺史事。神武从晋阳出发，到此时为止已向魏帝致函四十余件，都没有得到答复。
九月初十，神武返回洛阳，又打发僧人道荣奉表入送关中，还是没有答复。于是聚集百官、四门耆老，议论立谁为帝。神武认为从孝昌丧乱开始，国脉中断，神主无依，昭穆失序，永安帝以孝文帝为伯考，永熙帝迁孝明帝神主于夹室，功业丧失福佑短浅，根源就在这里。因此决定立清河王长子元善见。大家意见一致，便向清河王报告。王说：“天子无父，若立我儿，我会毫不悯惜自己的生命。”元善见即位，这就是东魏史上的孝静帝。从这时起，魏一分为二了。神武考虑到魏帝跑到了关中，担心他进逼崤、陕，洛阳又在黄河之外，接近梁境，如若进攻晋阳，两边不能很好衔接，就建议迁都于邺，护军祖莹赞同。诏书下达三日，车驾出发，户口四十万也狼狈上路。神武留在洛阳处理事务，事情办完后就回到了晋阳。从此开始，军政大事，全归相府处理。早些时候有童谣说：“可怜青雀子，飞到邺城里，翅膀快长成，变成鹦鹉子。”好事者私下议论，说雀子是魏帝清河王的儿子，鹦鹉是神武。
当初，即孝昌年中，山胡刘蠡升自称天子，年号神嘉，住居在云阳谷，魏的西部每年都要遭受寇掠，人们呼之为“胡荒”
天平二年(535)正月，西魏渭州刺史可朱浑道元率众归附，神武接纳了他们。十五日，神武袭击刘蠡升，获全胜。二十二日，魏帝下诏褒奖，任命神武为相国，授假黄钺，佩剑着鞋进宫殿，朝见不快步地走。神武坚辞不受。
三月，神武计划嫁女予刘蠡升的长子为妻，候其麻痹大意，十五日，偷偷地派出军队突袭。蠡升子北部王砍下其父脑袋送给神武。蠡升的部众又拥立其子南海王为帝，神武再次进攻，活捉了南海王及其弟弟西海王、北海王、皇后公卿等四百余人，得胡、西魏户五万多。二十六日，神武朝于邺。
四月，神武请求按等供应迁户粮食。
九月十四日，神武认为州郡县官吏多有违法乱纪行为，请求派出使臣访问民间疾苦。
三年(536)正月二十二日，神武统领厍狄干等万余骑兵偷袭西魏的夏州，不吃熟食，四天就赶到了。捆绑长矛做成云梯，深夜攻进城里，活捉了刺史费也头人斛拔俄弥突，仍然委任他做刺史。留都督张琼镇守夏州，将其部落五千多户迁往东魏。西魏灵州刺史曹泥及其女婿凉州刺史刘丰派遣使者请求内属。周文包围了曹泥，用大水灌注灵州府城，只有四尺见方的地方没有被淹。神武命令阿至罗带骑兵三万从小路经过灵州，绕到西魏军的后背，缴获战马五十匹，西魏军才被迫撤退。神武亲率骑士迎接曹泥、刘丰，选拔五千遗户带回东魏，并且恢复了曹泥的官爵。魏帝下诏赐给神武九锡，因坚决推辞才作罢。
二月，神武下令阿至罗威逼西魏秦州刺史建忠王万俟普拨，神武随即率部应接。六月二十五日，普拨与其子太宰受洛干、豳州刺史叱干宝乐、右卫将军破六韩常以及督将三百多人率众投降。
八月十八日，神武请求魏帝统一斗、尺，颁行天下。
九月初四，汾州胡人王迢触、曹贰龙等聚众造反，建立百官，年号平都。神武派兵进行了镇压。
十二月十一日，神武从晋阳出发进行西征，命令兼仆射行台汝阳王暹、司徒高昂等人急赴上洛，大都督窦泰进入潼关。
四年(537)正月十七日，窦泰因军败而自杀。神武宿营蒲津，因冰薄不能渡河无法支援，便班师回归。高昂攻克上洛。
二月二十二日，由于并、肆、汾、建、晋、东雍、南汾、泰、陕九州霜旱，民饥流浪，神武请求各州开仓救济。
六月初八日，神武前往天池，得一瑞石，石面隐约有文字，曰“六王三川”
十月初二，神武西讨，从蒲津渡河，有众二十万。周文在沙苑布阵。因地形险峻，神武率部稍作退却，西魏军呐喊着发起冲锋，东魏军大败，丢弃武器盔甲十八万余件，神武骑着骆驼逃跑，又坐船回到了黄河东岸。
元象元年(538)三月初二，神武坚决要求解除丞相之职，魏帝同意了。
四月初二，神武朝邺。初四，回晋阳，请解除酒禁，还请求救济宿卫的武官。
七月初六，行台侯景、司徒高昂在金墉围住了西魏大将独孤信，西魏帝以及周文都跑来救助。大都督厍狄干率领诸将作为前锋，神武统众紧随其后。八月初四日，战于河阴，东魏大败西魏军，俘虏数万。司徒高昂、大都督李猛、宋显阵亡。西魏军失败，独孤信率先跑入关内，周文命令都督长孙子彦保守金墉，烧燃军营后就逃走了。神武派人追赶到崤，没有追上就回来了。早些时候，神武估计西魏军会来侵犯，率众从晋阳出发，抵孟津，还没有渡过黄河，交战时候有胜有负。不久，神武过河，长孙子彦弃城逃走，因此神武毁掉了金墉城。
十一月初八，神武入京师朝见。十二月三十日，回到晋阳。
兴和元年(539)七月二十五日，魏帝进神武为相国、录尚书事，坚决推辞才止。
十一月十五日，因新宫建成，神武朝邺。魏帝与神武聚宴行射礼，神武走下台阶祝贺，又请求辞去渤海王和都督中外诸军事职，诏令不许。十二月十八日，神武回晋阳。
二年十二月，阿至罗的一部遣使请求归降。神武率众出迎，出武州塞，没有碰到，狩猎而归。
三年五月，神武出巡北境，派出使者同蠕蠕结好。
四年五月十五日，神武朝邺，请求魏帝下令百官每月面陈政事，明扬侧陋，纳谏去邪，亲理狱讼，奖勤罚惰；牧守有过，逐级相坐；后宫之内，进御有序；御花园中的鹰犬全部放掉。六月初十，神武回晋阳。
九月，神武西征。十月初六，在玉壁城包围了西魏仪同三司王思政，接连挑战，西师不出。十一月二十一日，天下大雪，士卒多冻死，神武才下令撤退。
武定元年(543)二月十二日，北豫州刺史高慎占据武牢投奔西魏。三月初二，周文率众援助高慎，包围了河桥南城。十八日，神武在芒山打败了周文，擒获西魏督将以下四百余人，俘虏斩杀六万多人。这时有一个偷杀驴的军士，依军令罪当处死，神武没有杀他，准备带回并州处理。第二天交战，这个军士逃到西魏军那里，报告了神武的所在。西魏军集中了全部的精锐发动猛攻，打垮了东魏军，神武的坐骑丢失，赫连阳顺把自己的战马送给了神武，和苍头冯文洛将神武扶上马后一块逃跑，跟随的步骑只有六七人。敌人的追兵迫近，神武的亲信都督尉兴庆叫道：“王快跑，兴庆身上有箭百支，可以射杀百个敌人。”神武鼓励他说：“事成之后，让你做怀州刺史，如果你死了，就用你的儿子。”兴庆回答说：“儿子还小，就给我的兄弟吧。”神武答应了。兴庆与敌搏斗，箭尽战死。西魏太师贺拔胜带十三骑追赶神武，河州刺史刘洪徽射死了其中的两个。贺拔胜的长矛即将刺中神武，段孝先从旁边射倒了贺拔胜的坐骑，遂免于难。平定豫、洛二州。神武派遣刘丰追击敌人，将领土一直扩展到弘农才返回。
七月，神武写信给周文，谴责他杀死了孝武帝。
八月十三日，魏帝诏令神武为相国、录尚书事、大行台，其余官爵依旧，坚决推辞才止。是月，神武下令在肆州北山筑城，一直向西抵达马陵戍，向东到土阝登，四十天后才罢止。
十二月二十二日，神武朝京师，二十三日，回晋阳。
二年三月初九，神武巡视冀、定二州，顺道朝京师。因冬春干旱，请求减免租税，赈济困乏，宽免死罪以下囚犯。又请求依照等级授给高龄老人官职。四月初一日，神武回洛阳。
十一月，神武讨山胡，获胜，俘捉一万余户，分往诸州安置。
三年正月十七日，开府仪同三司尔朱文畅、开府司马任胄、都督郑仲礼、中府主簿李世林、前开府参军房子远等人企图谋害神武，想借十五夜晚做“打簇”游戏的机会，身藏利刃入府，同伙薛季孝向神武作了报告，这些人全被处死。二十八日，神武请求在并州筑造晋阳宫，以安置配口。
三月十六日，神武朝邺，二十六日，回晋阳。
十月二十二日，神武上书，称幽、安、定三州北接奚、蠕蠕，请在险要之处修立城戍进行防守，并亲自监工，因此没有一处不坚固。二十六日，神武请求解除芒山俘虏的脚镣手铐，允许他们同民间的寡妇婚配。
四年八月二十三日，神武拟将西伐，率兵从邺来到晋阳集中。殿中将军曹魏祖进谏说：“不行啦，本年八月是西方王，以死气迎生气，对客人不吉利，对主人还可以。真有行动的话，会伤大将军。”神武置之不理。自从东、西魏交战后，邺下常有黄黑蚂蚁各自为阵进行搏斗，占卜的人认为黄色是东魏士兵的戎装，黑色为西魏军卒的衣服，民间便以此占验吉凶胜负。此时，黄蚁全死。九月，神武围困玉壁向西魏军挑战，西师不敢应。西魏晋州刺史韦孝宽守玉壁，从城中放出蒙着铁面的人来，神武命令元溢射击，每次都射中了铁面人的眼睛。采纳术士李业兴的“孤虚法”将士众聚集到玉壁城的北边。北边为天险。于是堆起土山，挖掘十条地道，同时又在东边开挖了二十一条地道作为攻城的手段。玉壁城内无水，须于汾河取用，神武截断汾河，不让流入城中，一夜功夫就做成了。韦孝宽将神武兵卒堆造的土山夺了过去。围城五十多天，没能攻下，却死了七万多人，神武下令将死者集中埋在一个大冢中。流星坠落到神武军营，军营中的驴子一齐鸣叫，兵众恐惧。神武重病。
十一月初一，神武抱病乘车返归。十一日，调遣太原公高洋镇守邺城。十二日，召世子高澄回晋阳。有恶鸟栖息在亭树上，高澄指派斛律光用箭射死。十六日，因无战功，神武上表请求解除都督中外诸军事职，魏帝特地下诏批准。这时，西魏都说神武围玉壁时被箭射伤，神武听到报告后，就强打精神与诸贵人相见，还让斛律金高唱敕勒歌，神武在一旁和唱，唱得泪流满襟。
侯景一向小看太子，曾对司马子如说：“王在，我不敢有非分之举；王无，我不能与鲜卑小孩共事。”子如赶紧捂住了他的口。此时，太子代神武修书征召侯景。侯景先前与神武有约，得信函，若信函背面有小黑点，才来看望。信到，无约定的记号，侯景未来，又听说神武病重，便拥兵自守。神武对太子说：“我虽然病重，可是你的脸上却有更多的忧虑之色，为什么？”太子没有回答。神武又问：“难道不是担忧侯景反叛？”答：“是的。”神武说：“侯景专制河南十四年，常怀飞扬跋扈之志，只有我能调养，他岂能让你驾驭！如今天下未定，千万不要匆匆发布我死的消息。厍狄干是鲜卑老人，斛律金为敕勒老人，两人性格耿直，是不会背弃你的。可朱浑道元、刘丰生从远道来投奔我，无疑没有异心。贺拔焉过儿朴实而且很少有过失。潘相乐原本是个道人，心地善良而且宽厚，我们弟兄会得他的帮助。韩轨少戆，应该宽容。彭相乐难得真心实意，应该提防着他。稍微能与侯景抗衡的只有慕容绍宗，因此我不让他富贵，留下给你，你必须殊礼相待，委以重任。”
五年(547)正月初一，日蚀，神武说：“日蚀是为了我哟，死也没有什么遗憾的了。”初八日，向魏帝呈送书启。是日，崩于晋阳，时年五十二岁，秘不发丧。六月十七日，魏帝在东堂致哀，第三天，制作丧服，诏令丧礼依照汉大将军霍光、东平王苍规格办理；赠假黄钺、使持节、相国、都督中外诸军事、齐王玺绶，赐。。车京车、黄屋、左纛、前后羽葆、鼓吹、轻车、介士，兼备九锡殊礼，谥号献武王。八月二十日，葬在邺西北漳水的西侧，魏帝送丧至紫陌。天保初年，追封为献武帝，庙号太祖，陵为义平。天统元年(565)，改谥号神武皇帝，庙号高祖。
神武性情深沉缜密傲岸严肃，整天表情庄重，别人不能揣测他的内心，策划谋略的时候，变化多端如同神人，至于军事和国家的重大方针，独到地运用自己的思考，文官武将很少能预知。统领指挥军队，法令严肃，面对敌人夺取胜利，制定策略没有一定之规。听讼断案明察是非，不可欺蒙。善于鉴识人的才能喜欢和士人交往，周全保护立遇功勋的人。性格周密善辩，每当有礼乐教化的事情，常常关注备至，阐述事理倾心交谈，不崇尚华丽奢侈。提拔人员授予官职，在于得到人才，如果他能够胜任，甚至到奴仆中选拔，徒有虚名而无实际才能的，很少得到任用。各将领出外征讨，照着他的策略做的，无不取胜报捷，违背他的指挥的，大多导致失败逃亡。十分崇尚俭朴，刀剑鞍辔上没有金玉的饰物。年轻时酒量很大，自从担当重任后，每次不超过三杯。住在家裹就和在官府一样。仁慈宽容地爱护士人。开始范阳人卢景裕以明晓经义受人称道，叠郡人垄堑以擅长书法声名显扬，他们都因谋反被抓，一并蒙受恩德安置在府宅裹，教神武的儿子们。他的文人武士尽心去做事，因遇错被抓起来而不加惩罚的有很多。所以远近都心悦诚服地归附他，都想为他出力效命。以至于南面慑服凿国，北面安抚竖坚，丝主避、厘至罗全都招引接纳，得到他们的人力物用，规划谋略考虑得远啊。